夫の交際相手に慰謝料請求したい。

上司である夫が部下の女性と交際関係にありました。約2年程の期間、独身一人暮らしの女性宅にて、深夜に会ったり、深夜まで会っていたり、朝帰りの日もありました。夫と女性は不貞行為は認めませんが、交際しているやりとりはあり、交際している男女が2年間も密室で頻繁に逢瀬を重ねる状況にて、①不貞行為が推認される可能性は低いのでしょうか。

あくまでも一般論ですが、不貞行為が認定される可能性は高いか低いかで言えば低いといえます。
しかし、皆無というわけではありません。
また、不貞行為が認定されずとも、交際関係が認定されることで慰謝料請求が認められる場合もあります。

また配偶者である私に知られた為、鬱状態になり、相手女性はセクハラだったと主張してますが、相手が普通の恋人になりたかった事、夫が家に帰るのが苦しい事、久しぶりの恋愛だった事や告白が嬉しかった内容が残っておりますが、相手とそのようなやりとりがあっても②部下がセクハラと言ったらセクハラ認定される可能性は高くなりますか。

一般的には、可能性は低いと考えます。
ただし、過去に、同種の事案で、「女性は性被害に遭うと逆に加害者に迎合的になってしまう」という主張を展開されたことがありました。その事案では、最終的に、相手方の主張は排斥されましたが、そういった、厄介な主張を展開される場合もあります。

慰謝料請求が難しいようなら、双方同じ会社なので今後の為にも、接触した際の違反金等を取り決めしておいた方がいいでしょうか。
時効経過以降でも、何かしらの対処が出来る方法がありましたら教えて頂きたいです。

一定の違約金を課すような合意を締結することで、同様の事象をある程度防ぐことが可能です。