休業損害の計算について

　訴訟等であれば、額面での差額を請求するのが一般的にです。
　しかし、そもそも、保険会社は、慰謝料等についても、訴訟で認められる水準を下回る金額で何とか解決させようとする傾向にあります。
　そこで、一度、正式に弁護士による法律相談をうけていただき、保険会社と対峙するための適切な方法について助言をうけるようにしてください。
　京都であれば、無料相談に対応している事務所も数多くあります。

休業損害の基礎収入を、手取金額で計算されてしまったということですね。
通常、社会保険料等を控除せずに計算することが多いと思われますが、控除されてしまった理由はどこにあるのか、確認できていますか？
可能性としては、
①会社の休業損害証明書の書き方が悪かった
②相手方保険会社の担当者が出し渋っている
③その他のなんらかの理由

いずれであるかにより、有効な対策は変わります。
また、計算の基礎収入は、３か月平均とのことですが、これの計算方法も場合によっては変わります。
おそらくですが、ご質問の文章を拝見する限りでは、基本的な部分でよくわからないところがあると思いますので、弁護士特約に加入しているのであれば、弁護士に依頼か休業損害証明書を見せての面談相談をなさってはいかがでしょうか。
弁護士特約に加入していない場合でも、各種無料相談などもありますから、一度書類を見てもらうことをおすすめします。