ご質問の内容からしますと、兄固有の財産は建物の3分の1のみで、建物の残りと土地はお父様名義であり、それが遺産であると理解しました。
建物の評価と土地の評価は分けて考えるべきです、通常建物は建築後相当期間経過していれば価値はかなり低くなっているでしょう。これに対して土地の方が通常価値は遥かに高く評価されます。算定方法は様々あり、一概に決まっているものではないですが、例えば固定資産税評価額をもとに兄固有の分と相続分の割合を算出するなりの方法は考えられるでしょう。
なお、お兄さんが購入時に頭金や返済にお金を出していたとすれば名義は父でも、実質的には兄の持分があると考えられることはありえませんので、それによる修正はあり得ます。ただ建物の3分の1は兄名義なので、それを超えてどこまで支出したといえるか、算定して割合を算出する必要はあるでしょう。
いずれも一概に確定できるものではなく、状況や立場、考え方に応じて変動しうるものですので、柔軟に交渉し、難しければ弁護士に依頼することも有効を考えます。
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