特別受益の精算をしたい

　まず前提として、その住宅資金の援助がもし母親が出したものと言えるのであれば、シンプルに母親の遺産分割協議において、特別受益を主張していけるでしょう。

　それが難しく、あくまでも父親による援助という場合には、法的には父親の遺産分割で考慮されるべき内容となります。ですので、法的な理屈から言えば、母親の遺産分割で当然に考慮されるべきことにはなりません。
　ただ、いったん父親の遺産分割協議が成立しているとしても、特別受益がないと思ったとして錯誤を理由にこれを取り消すことができる可能性があります。これが認められれば、父親の遺産分割協議をやり直す形で父と母の遺産分割協議をあらためて併せてすることとなり、その中で特別受益を考慮できる可能性が出てきます。
　これが理屈ではありませんが、錯誤が認められるかどうかは微妙なところで一概には言えません。
　このことを踏まえて、相手方と協議し、母親の遺産分割協議において一定の考慮を求めて交渉することが良いかとは思いますが、それも難しければ正式に父親の遺産分割協議を錯誤を理由に取り消せれるかどうかを争って裁判等を行っていくことになるでしょう。事案的に複雑ですので、法的に争っていく場合は弁護士への相談や委任をお勧めします。