形式的には,自宅の所有者である夫の父から「所有権に基づく建物明渡請求」を受けることは考えられます。ただ,夫の父がそのような裁判を提起したとしても,最終的に追い出されるという結論にはならないと思います。少なくとも,あなたが夫と離婚するまでは,裁判によって追い出されるということはないでしょう。
「安全に非難したい」とのことですが,上記の「追い出される不安」とは別に,ご自身とお子さんの安全のために避難したい,ということでしょうか。ご実家などの転居先が確保できているのであれば,非難した方が安全だとは思います。その上で,婚姻費用(別居中の生活費)を請求すべきでしょう。
離婚を承諾するのであれば,財産分与や慰謝料についても検討しておくべきかと思います。別居する前に,準備を万全にした方がよいでしょう。