お子さんを相手の元に置いて出てきてしまったのであれば、できるだけ早いうちに子の監護者指定の調停と子の引渡しの調停を申立てるべきだと思います。母親側の方が通常は親権を取れる場合が多いのですが、お子さんたちが相手の元で暮らす期間が長くなればなるほど、お子さんと父親との結びつきが堅固だとして、親権を父親側にされてしまう可能性が高くなります。一緒に婚姻費用(離婚までの生活費)の調停も申立てるとよいでしょう。
早急に子の監護者指定、子の引き渡しの審判、保全手続を行ったうえで、まずはお子さんを取り戻すことが先決かと思います。その結果次第で、ある程度親権がどちらに転ぶか決まります。基本的に、親権、監護権を取得できるかどうかは、お子さんの出生から現時点まで主としてお子さんをどちらが監護していたか(主たる監護者はどちらか)、主たる監護者の従前の監護状況に問題がなかったか、現状の監護状況に問題はないかが一応の目安となります。
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