法律に基づいて手続きするとどうなりますか？

不動産の時価評価が必要で、それによって遺留分の話になるのかどうか、でしょう。いずれにせよ家裁での遺産分割調停を申し立てて、状況によっては遺留分に切り替えていくことになるのかと思われます。また生計維持のためのお金がどれくらいになるのか、もポイントになってくるのでしょう。。

まず、遺言書があるとのことですので、遺言書を拝見しないことには、遺留分のこと等が分かりません。
検認されているのであれば、遺言書自体は形式的には有効に成立していることとになりそうです。

「借金で突発的人気遺言書を書いたらしく、家庭裁判所でのちに検認する時にも本人が書いた物か分からないと言いました。」とありますが、本人が書いたかどうかは筆跡等から分かることです。また「借金で突発的人気遺言書を書いたらしく、」の意味が分かりませんが、判断能力的に問題が無ければ突発的であっても無効になるものではありません。

とにかく、遺言書を拝見するのと事情を伺わないとこれ以上のことは答えられないため、対面での法律相談をお受け頂いた方がいいです。よろしければ御連絡ください。

ご質問に以下のとおりお答えします。
　遺言により遺留分を侵害された相続人は、遺留分を限度に遺留分侵害額請求（「減殺請求権」から名称が変更された。）をすることができます。この請求権は、遺留分権利者が相続の開始及び減殺すべき贈与又は遺贈があったことを知った時から、１年間これを行わないときは時効により消滅しますので（民法1048条前段）、お気をつけください。侵害されたことを知ったら、まず内容証明郵便で遺留分侵害額請求の通知をしておくのが大切です。相手方が請求に応じず、返還にしないなければ、家庭裁判所の調停を利用することができます。なお、遺留分侵害額請求は、遺留分の計算方法が煩雑で、争点も多岐にわたることが多いので、事前に丁寧な計算と主張の整理を整理することが大事です。
　「完済借金は特別遺贈か」の意味がわかりません。母親に借金したけれども生前に完済のようですので（「現在は完済しています」）、とくに問題にならないと思います。「遺贈」にならないでしょう。
　生前の「相続放棄」の効力ですが、被相続人（亡くなった方）の死亡後に行う手続きですから（民法915条１項本文）、被相続人の存命中における相続放棄は無効です。同じく、生前に相続人間で財産の分け方について協議して「遺産分割協議書」と文書にしていてもやはり無効です。
なお、「遺留分侵害額請求権」は、生前でも家庭裁判所の許可によって放棄することができます（民法1049条１項）。
　葬儀費用は民法の契約による債務であるため、相続とは関係ありません。あくまでも当事者間での話し合いで（本件では、兄との間で）決めることになります。日本の一般的な慣習では、長男や家業を継いだ相続人や喪主が立て替えるケースが多いようです。
なお、故人を被保険者とするオリックス生命の生命保険につき保険金の受取人が兄となっているとのことです。そうすると、この生命保険金が特別受益となって持戻しの対象となる可能性があります。そして、保険金額の「4100万円」に対する比率、「20年近く無職であり生計維持のために母より特別贈与」との記述から、他の事情次第では判例上も質問者との関係で著しく不公平な結果となる特段の事情ありとして持戻しの対象ともなりうるものですので、十分お調べください。

ご質問にお答えします。

自筆遺言証書でも遺言の要件を満たしていれば、遺言の内容が優先されます。
→遺言の内容や効力を争うのであれば、遺言無効の訴訟、遺産分割調停を行う必要があります。
本人が書いたかどうかわからないのであれば、遺言の効力が明確でないため、遺言無効を主張することはありえます。

遺言は遺言として認めるのであれば、遺言で決まった不動産以外は、話し合いになります。
話し合いがつかないなら、遺産分割調停になります。
調停で話し合いの下、遺産分割が決まり、それでも遺留分を下回った場合に、遺留分侵害額請求を行います。

ご質問の答えとしては、
①自筆遺言証書でも遺留分侵害額請求はできますが、今回のCASEは、その前に調停を提起した方がよいか思います。
②借金は、遺留分の計算において、特別受益の対象になりますが、10年前以前は対象になりません。
→今回の借金は、遺留分の計算における特別受益の対象になりません。
③生前の相続放棄は、無効です。
④葬儀費用は、立替えできません。葬儀費用は、喪主が全額負担します。
事前に相続人が何らかの承諾を得ない限り、相続人に請求できませんので、ご注意ください。

今回のCASEは、比較的複雑な案件ですので、弁護士に相談して解決するべき案件といえます。
是非とも弁護士に相談されることをオススメします。