父親でも親権を取ることはできますが、日本の裁判所は、母親の方が親権については優位な考え方ではあります。父親が親権を取るためには、積極的に母親の行動の問題性と母親の下で育てられた場合のお子さんたちへの悪影響の可能性、父親が子どもたちの世話を常にしている日常の様子、お子さんの意思など積極的に立証していくことが必要です。相手が協議に応じるのは、難しいような気もしますので、診断書や動画、暴行を受けた場合には警察を呼び記録を取ってもらう、役所のDV相談に行き記録を取ってもらうなど、証拠を揃えたら家庭裁判所に離婚調停を申立てるのがよいかもしれません。