夫が離婚を拒否しているとなると,少なくともしばらくの間,離婚は難しいでしょうね。
別居については,物理的に,娘さんを連れて別居してしまえば可能です。
夫が,娘さんを取り返そうとして,「子の監護者の指定,引渡し」を求めても,家裁は監護権者をあなたと指定する可能性が高いです。不貞と,子の監護者に父母いずれが適切かの判断は,直接関連していないからです。あなたがこれまで主に娘さんの世話をしてきて,特段その世話に問題がないのであれば,家裁はあなたを監護権者とするでしょう。
そうであれば,娘さんを夫にとられる心配がないので,別居は可能ではないかということです。
夫が他に取る手段といえば,あまり聞かないですが,「同居を求める審判」を申し立てることは考えられるかもしれません。離婚していない以上,夫婦には同居の義務があるからです。
仮に,そのような申立てがあった場合,不貞をした挙句出ていった,というのではさすがに印象がよくないので,「価値観の違い」が大きく一緒に生活することが困難だったというのを,なるべく証拠を付して,主張していく方がいいでしょうね。同居を求める審判は,私は体験したことがないので,裁判所がどう扱うのかは何とも言えませんが,夫婦の同居義務はともかくとして,同居したくないと言っている妻を無理やり夫と住めということは言い難いように思います。
最後に,離婚請求についてですが,ネットで調べればすぐにわかると思いますが,有責配偶者からの離婚請求の要件が3つあります。一つ言えることは,別居が前提ということです。
親権については,あなたが娘さんを連れて別居しているのであれば,問題なく親権も取れるでしょう。