まず、日本で協議離婚ができるかどうかは、相手の国の法律が協議離婚を認めているかによります。なぜなら、裁判での離婚しかない国なら日本にある領事館が協議離婚での届出を受け付けてくれないからです。また、日本で調停や訴訟による離婚をするにしても、相手の居住地の裁判所が原則管轄となりますので、相手が所在不明であるなどをこちらが立証しなければ、日本の裁判所に申し立てができないからです。キューバが協議離婚を認めている国だとしても、それが日本と同じ協議離婚なのかにもよります。協議といっても裁判官や公証人の介在する協議しか認めない場合もあるからです。キューバの法律を詳しく調べる必要があります。ここまでをクリアしたとして、2人の離婚について、どこの国の法律によるべきか(準拠法)を決める必要があります。準拠法は、日本に常居所がないあなたとキューバ(あるいはメキシコ)在住の彼なので、2人の常居所がメキシコであればメキシコ法によることになり、2人の常居所が別々であれば、「密接関連地法」ということで、おそらくキューバ法が準拠法になると思います。あなたが日本に帰国されて住民票を移されれば、日本法が準拠法とはなりますが。