
確かに同居義務というものがありますが、裁判所が強制的に同居を実現できるわけでもなく、離婚を前提に別居を敢行するということは世の中では多く行われていることで、ご相談のような状況下での別居で何か不利になると言うことは実際にはないでしょう。
子どもの連れ去りについては確かに注意が必要です。
保育所等には事前に状況を説明してご自身以外に引き渡さないよう連携を取っておきましょう。
夫には親権があるため、渡さざるをえないと答えられることもありますが、日頃から保育所等と信頼関係を築いてお願いしておくことが重要です。
また事実上、連れ去りを防ぐために、別居後早期に離婚調停や監護者指定の審判の申立を行うことも検討してみましょう。