
ご相談内容を前提に私見を回答いたします。
相談内容の事実を前提にすると、婚姻費用の算定において住居関係費が考慮される可能性は高いと思います。
もっとも、減額される金額は実際の家賃相当額ではなく、一般的には権利者(奥様)の年収に応じた標準的な住居関係費を基準として検討されることが多いです。また、ご自宅の所有関係や固定資産税等の負担状況なども踏まえ、最終的には個別の事情に応じて判断されることもあります。
別居を具体的に検討されているのであれば、別居前の段階で一度離婚問題を扱う弁護士へ相談し、婚姻費用の見込みや別居後の進め方も含めて方針を検討されることをおすすめいたします。